唯一の接続駅は飯田橋ですが、乗換える際に区境を越えるくらいですから、かなり時間がかかります。
東西線西船橋方面⇔南北線目黒方面については、日本橋から銀座線に乗換え、溜池山王で南北線に乗換える、という回避策があります。両駅とも乗り換えは楽ですし、距離も銀座線経由のほうが近くなります。したがって、乗り換えを一回余計にやる手間の元は取れます。
しかしながら、他にはあまりいい回避策はありません。西船橋方面⇔赤羽岩淵方面については、門前仲町で大江戸線に乗り換え、春日→後楽園で南北線に乗換える、という方法も考えられます。門前仲町・春日→後楽園とも、乗り換えは比較的楽です。ただ、間に都営線を挟む上に、大江戸線が門前仲町と春日の間を直線で結んでおらず、経路短縮にもなりません。結局、経費がかかる割には、飯田橋乗り換えよりはっきりした利点が出ません。
一方、東西線中野方面と南北線との乗り換えですが、これについては、回避できる経路が存在しません。強いて言えば、高田馬場乗り換えで駒込駅もしくは目黒駅で南北線に乗換えるくらいですが、間に別鉄道を挟む経費の事を考えると、あまり得策とは思えません。飯田橋で乗換えるか、最初から東西線を使わないかのいずれかになります。