乗り換え便利度（五段階評価）
総武線と山手・京浜東北線の乗り換えは非常に便利です。山手・京浜東北線のホームが2階で、総武線のホームが3階になっており、それぞれのホームを直結する階段が設置されています。
山手・京浜東北線から総武線千葉方面に乗り換える場合は上野寄りの車両に、御茶ノ水方面に乗り換える場合は東京寄り車両に乗ると便利です。
ただし、千葉方面・御茶ノ水方面とも、同じ色の表示で案内されているため、ホーム中央付近から乗り換えようとすると、間違えてしまう可能性が高いので、注意が必要です。
また、総武線から山手・京浜東北線への乗り換え口はほぼ隣接しています。表示をよく見ないと、逆方向のホームに行ってしまうので、これまた注意が必要です。
乗り換え便利度（五段階評価）
三つの鉄道の改札がほぼ隣接しています。隣の北千住も似たような構造なのですが、こちらのほうが規模が小さいので、乗り換えには便利です。というわけで、北千住か南千住のいずれでも乗り換えられる場合は、南千住のほうがお勧めです。
ただし、南千住の乗り換えは、一度屋外に出ます。したがって、雨が降っている場合は、北千住での乗り換えがお勧めになります。
乗り換え便利度（五段階評価）
地下2階に千代田線があり、1階に東武線と常磐線、3階に日比谷線とつくばエクスプレスのホームがそれぞれ並んでいます。そして、地下1階に千代田線の改札が、2階に残る4路線の改札が設置されるという、極めて整然とした構成になっています。
その構造ゆえに、乗り換えについてもかなり便利になっています。
ただ、便利ではありますが、駅の規模が大きいので、経路がやや複雑になっています。そのため、一部の乗り換えは隣接する南千住で行ったほうが便利な事もあります。
乗り換え便利度（五段階評価）
銀座線から東武線に乗り換える場合は、一番前の車輌に乗ると便利です。そのまま階段を上がり、東武線乗り換えの表示に従って地上に出ますと、目の前に東武浅草駅がそびえ立っています。
東武線から銀座線に乗り換える場合も、やはり一番前の車輌が便利です。そこから改札を出て階段を降りると、銀座線の入口が見えます。