四ッ谷・市ヶ谷・飯田橋と三駅間で併走しています。まず、絶対にありえないのは市ヶ谷での乗り換えです。間に動く歩道があるほど、乗り換えに時間がかかります。
また、四ッ谷と飯田橋で比較すれば、四ッ谷になります。飯田橋で乗換えるのは、南北線赤羽岩淵方面から、中央・総武線御茶ノ水方面に乗換える時のみです。なお、飯田橋の乗換案内でも書きましたが、JRから南北線に乗るときは、西口を使い、駅ビル・ラムラの中を通る経路が一番便利です。
それ以外の場合は、全て四ッ谷で乗換えるのが最も便利です。四ッ谷には赤坂口と麹町・四ッ谷口という二つの改札がありますが、南北線に乗換える場合は、どちらでもほぼ同じ所要時間です。したがって、南北線から乗換える場合は、JRのどの車両を使うか、によって出口を選ぶ事になります。